CARACTERIZAÇÃO DE MARCADORES SSR EM EUGENIA UNIFLORA L. (MYRTACEAE) UTILIZANDO TECNOLOGIA NGS

Resumo

A exploração das populações naturais de Eugenia uniflora pode estar interferindo na dinâmica populacional, sendo necessários estudos genéticos mais detalhados do status atual das mesmas. Objetivamos caracterizar marcadores microssatélites altamente polimórficos (SSR) para E. uniflora através de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). O DNA total foi isolado de um indivíduo de E. uniflora de uma população natural da cidade de São Gabriel RS. O DNA foi fragmentado e sequenciado via NGS. Após a montagem dos fragmentos sequenciados obtivemos uma cobertura de cerca de 25% do genoma de E. uniflora. O software SSRLocator foi utilizado pra buscar motivos microssatélites. Pares de primers foram desenhados com o software Primer3. Obtivemos um total de 149 marcadores microssatélites, os quais foram distribuídos em 106 dímeros, 42 trimeros e um tetrâmero. Os marcadores foram encontrados em regiões neutras do genoma, mas 13 mostraram mais de 80% de similaridade com regiões de expressão gênica. Os primers foram desenhados para 113 marcadores. Todos os primers apresentaram um amplicon quando testados por PCR virtual. Percebemos um amplo alcance dos marcadores SSR, tendo potencial para ser efetivos na amplificação de loci polimórficos. O polimorfismo e viabilidade dos marcadores estão sendo testados em amostras de duas populações naturais da espécie.