DISTRIBUIÇÃO DA SUBFAMÍLIA CR1 J3 DE RETROELEMENTOS NO GENOMA DE AVES DO PAMPA

Resumo

As aves constituem um grupo diversificado de espécies com importante papel no equilíbrio ecológico da natureza. Possuem características genômicas peculiares como um genoma aproximadamente três vezes mais compacto quando comparado aos mamíferos, e uma proporção bem menor de sequências repetitivas incluindo baixa densidade de elementos transponíveis (TEs). Elementos transponíveis são sequências repetitivas de DNA que possuem capacidade de mobilização dentro e entre genomas, e essa natureza móvel e parasitária os tornam significativos para compreensão da organização, estrutura, função e evolução genômicas. Simplificadamente, os TEs são classificados em dois grandes grupos, conforme o seu modo de transposição: Retrotransposons, via RNA e Transposons, via DNA. O retrotransposon Chicken Repeat 1 (CR1) foi identificado inicialmente no genoma de Gallus gallus, como elementos nucleares interdispersos longos (LINEs), de aproximadamente 4,5 kb quando completos e, atualmente, formam uma superfamília de TEs ubíquos em todos os amniotas, com mais de 10 subfamílias descritas em aves. Embora diversificado em relação ao número de subfamílias, as mesmas carecem de caracterização molecular mais detalhada. Particularmente, a subfamília CR1-J3, quando analisada no genoma do pica-pau Picoides pubescens mostrou ser a subfamília mais abundante, com mais de 118 mil cópias. Assim, o presente trabalho tem como objetivos investigar a distribuição de retrotransposons da subfamília CR1 J3 em espécies de aves do Pampa, e caracterizá-los molecularmente. As amostras das espécies utilizadas foram obtidas por meio de coletas ou a partir de material já disponível em laboratório com a devida licença do SISBIO e aprovação do CEUA-UNIPAMPA. Extrações de DNA genômico foram realizadas a partir de amostras de sangue com kit de purificação comercial, seguindo recomendações do fabricante ou pelo método de purificação com fenol-clorofórmio. O isolamento de elementos CR1-J3 foi feito por amplificação via PCR (Reação em Cadeia da Polimerase), utilizando iniciadores específicos prospectados para o elemento. Os fragmentos amplificados foram submetidos à eletroforese em gel de agarose 1%, visualizados em fotodocumentador sob luz ultravioleta e purificados do gel para análises posteriores.A amplificação de um fragmento de tamanho esperado, de aproximadamente 580 pb, foi detectada nas seguintes famílias/espécies de aves: Picidae- Veniliornis spilogaster e Picoides mixtus; Passarellidae- Zonotrichia capensis; Tyrannidae- Euscarthmus meloryphus; Trochilidae- Hylocharis chrysura; Thraupidae- Thraupis bonariensis; Turdidae- Turdus rufiventris. Esses resultados demonstram que o elemento CR1-J3 apresenta considerável distribuição dentro das famílias analisadas, com um padrão de amplificação mostrando um fragmento único e com alto rendimento, o que nos permite prosseguir às etapas de purificação, sequenciamento e análises moleculares e evolutivas das cópias desse elemento nos genomas dessas aves.