TRANSFERÊNCIA E PROSPECÇÃO DE INICIADORES MICROSSATÉLITES DE REGIÕES SSR EM POA ANNUA PARA ANÁLISE DE DIVERSIDADE GENÉTICA

Resumo

Este trabalho trata do estudo sobre diversidade genética e análise filogeográfica entre populações de Poa annua L. A pesquisa é fundamental para esclarecer aspectos sobre a origem e dispersão dessa planta na Antártica, visto que existe a hipótese de que as plantas pioneiras vieram da Polônia, porém não é descartada a possibilidade de que os vetores e as fontes de distribuição da espécie sejam mais de uma. Este trabalho teve como objetivo testar a transferibilidade de marcadores microssatélites de regiões expressas (EST-SSR) de Physcomitrella patens (Hedw.) Bruch & Schimp. em Poa annua e prospectar in sílico oligonucleotídeos iniciadores microssátelites de regiões expressas (EST-SSR), da subfamilia Pooideae. Para verificar a transferibilidade foram testados 50 pares de primers de P. patens através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) utilizando o programa SSRTouch. A prospecção de marcadores microssatélites foi desenvolvida com ferramentas de bioinformática, através de uma análise in sílico SSR em banco de dados EST para subfamília Pooideae, disponíveis no Genbank (NCBI). Um pré-processamento foi feito com o programa CAP3 para eliminar a redundância nas sequências do banco de dados. Os motivos SSR encontrados na base de dados EST para este estudo foram realizadas utilizando o software SSRLocator, investigando a presença de elementos repetitivos em conjunto (SSR), ocorrência, frequência e os tipos de motivos que ocorrem em cada loco SSR. Os resultados do SSR encontrados foram anotados por meio de um banco de dados de atribuição Gene Ontology (GO), a fim de avaliar as associações entre locos SSR e os processos biológicos, componentes celulares e função molecular de genes conhecidos. Um arquivo fasta com as bases de dados de microssatélites EST-SSRs mais frequentes encontrados para Pooideae foi submetido ao software Blast2GO e correu contra o GO, anotadas as sequências e os hits obtidos foram compilados. Dos 50 pares de primers, 10 demonstraram resultados positivos de transferência para P. annua. Foram tabulados 50,496 contígs na base de dados de ESTs de Pooideae, 28510,064 pares de bases, sendo (54%) de guanina e citosina. Para prospecção de marcadores microssatélites foram analisados os 13 motivos mais frequentes encontrados sendo: CCG (17%), CGC (13%), GCC (9%), AG (9%), GGC (8%), CGG (8%), GCG (7%), CT (6%), GCA (5%), CCT (5%), AGC (5%) CAG (4%) e GAG (4%). Em relação aos componentes celulares, os motivos SSR encontrados estão associados com a expressão de genes de compostos heterocíclicos de ligação (26,97%), ligação compostos cíclicos orgânicos (26,97%), atividade da transferase (14,17%) e ligação de pequenas moléculas (14,17%). Na função molecular algumas regiões SSR estão relacionadas com a porção celular (56,25%). Nos processos biológicos mais loci SSR foram encontrados envolvidos nos processos metabólicos primários (17,66%), processos de substâncias orgânicas metabólicas (17,66%), processos metabólicos celulares (14,67%) e biossíntese (74%). Com esta análise, foi possível mapear os microssatélites mais frequentes e as funções dos genes relacionados para as regiões EST-SRR de Pooideae. A partir destes dados, foram selecionados marcadores com porcentagem de transferência em P. annua e desenhados primers que serão utilizados para estudos filogeográficos dessas populações da antártica.