Determinação de Marcadores de Membrana Inferidos por Análises de Transcriptômica

Resumo

A membrana plasmática é a estrutura responsável pela delimitação entre os meios interno e externo de uma célula. Das estruturas constituintes da membrana celular, são as proteínas as principais responsáveis pelo transporte de substâncias entre os meios, pelo reconhecimento e recepção de moléculas, células, e outros organismos. Por suas diversas funções, as proteínas de membrana tornam-se alvos de estudos biotecnológicos, uma vez que são bastante utilizadas para o diagnóstico de diversas doenças. Porém o conhecimento do perfil destas proteínas entre os diferentes tipos celulares humanos ainda é insuficiente. Afim de reunir informações sobre estas proteínas com interesse na hematologia, ocorre a cada dois anos um Workshop para o estabelecimento destas proteínas, batizadas como CDs (Cluster of Differentiation). Atualmente estão definidos cerca de 370 CDs, um valor relativamente baixo quando comparado a quantidade total de proteínas que façam relação com a membrana celular, aproximadamente 4800 no genoma humano. Pela dificuldade no estabelecimento de CDs de maneira ampla, este estudo teve como objetivo a determinação do possível perfil de proteínas de membrana através da análise in silico de dados de transcriptômica. Foram analisados dados de microarray de 218 amostras distribuídas em 8 tipos celulares, obtidos do banco de dados do NCBI. Os dados foram submetidos ao software EXPANDER para a análise qualitativa, isto é, transformação dos valores numéricos para perfis de ausência ou presença. Os perfis foram transferidos para o software MS-Excel para que fosse possível uma comparação ampla entre as amostras e com os dados de Citômica existentes. A análise quantitativa foi realizada no software MS-Excel e fundamentada na comparação dos valores absolutos relativos aos valores de genes housekeeping, uma vez que estes mantém sua expressão constante. A análise qualitativa revelou uma concordância de aproximadamente 80% entre os perfis baseados nos valores de expressão e os perfis já estabelecidos na literatura. A análise quantitativa mostrou-se mais eficaz com cerca de 95% de concordância quando relacionados com o gene ACTB, gene o qual apresentou menor desvio de expressão. A análise qualitativa mostrou-se menos eficaz que a quantitativa por considerar todos os níveis de maturação de um tipo celular, já a quantitativa permitiu a determinação de limeares de valores comparados aos genes housekeeping. Os conflitos da análise quantitativa mostraram que para tais casos existe a possibilidade de variação da expressão destas proteínas, dependendo das condição em que a célula se encontra. Portanto os resultados obtidos mostram-se potencialmente capazes de determinar novos marcadores de membrana possíveis para aplicação em diagnósticos ainda imprecisos para algumas doenças e estudos de interações com outras células ou organismos também ainda desconhecidas.